香港古物古蹟辦事處與中國社會科學院考古研究所於1997年在馬灣進行考古挖掘,共發現六個時期的考古遺存,最早為5,000年前新石器時代中期的夾砂陶器碎片,及主要新石器時代晚期的墓葬及馬灣人骨,這項些發現被評選為"1997年全國十大考古新發現"。
是次發現的絕大部份文物,已交由古物古蹟辦事處作專業保管,而其中具有真貴歷史價值的馬灣唐代灰窑和清代磚窰,及新石器時代晚期的馬灣人骨復原像現收藏於馬灣歷史和文物的"古蹟館 (芳園書室)。"